La chiesa di San Francesco fu una delle prime al mondo legate al culto francescano, costruita nel 1244 quando ai Frati Minori venne ceduto il c.d. “Campo dell’Erba”, all’interno delle mura della città, in cui ancora oggi vi sono la chiesa e il seminario. La costruzione dell’edificio durò parecchi anni con aggiunte successive fino al XV secolo.
Il terremoto del 1501 danneggiò gravemente la chiesa e il campanile. Furono restaurati a partire dal 1535 ma alterarono struttura antica, distrussero le cappelle laterali e innalzarono le volte della navata maggiore. Nel 1774 i frati abbandonarono il convento perchè il duca Francesco III d’Este ridusse il numero degli enti religiosi e delle parrocchie.
Solo nel 1826, il duca Francesco IV d’Asburgo-Este la fece restaurare a Gusmano Soli, riaprendola al culto. L’attuale aspetto neogotico venne conferito da un ulteriore successivo restauro nel 1888.
Tra le curiosità annoveriamo che nel 1257 morì Frate Gherardo e qui venne sepolto. Nel 1442 venne trovata lungo la navata l’arca di marmo contenente la cassetta con le ossa del frate, oggi collocata sotto l’altare maggiore.
La piazzetta, sul lato settentrionale della chiesa è ornata da una fontana ottagonale su cui si erge una statua bronzea di S. Francesco nell’atto di predicare ai pesci, opera di G. Graziosi del 1938.
All’interno si può ammirare la Deposizione di Antonio Begarelli, costituita da un gruppo di tredici statue realizzate entro il 1531, per la Chiesa Francescana degli Osservanti di Santa Cecilia e trasferite qui nel 1829.