La chiesa di Sant’Agostino fu eretta nel 1338, su una chiesa preesistente sorta nel 1266. La sua costruzione ebbe tempi molto lunghi a causa della mancanza di fondi e poté considerarsi conclusa solo nel 1495. All’inizio del XVII secolo la chiesa fu considerata pericolante e venne riparata. Nel 1659 la chiesa fu lo scenario del funerale del duca Francesco I; venne allestito per volere del figlio, Alfonso IV, un monumentale apparato funebre disegnato da Gaspare Vigarani. Il progetto iconografico commemorava il sovrano defunto e la casata estense. Alfonso IV e la consorte, Laura Martinozzi, decisero, su suggerimento di Domenico Gamberti, di rendere fisso questo apparato provvisorio per sottolineare la stabilità delle istituzioni e la continuità della dinastia estense. Nel 1762 gli Agostiniani dovettero lasciare la chiesa e venne trasformata in Albergo Generale dei Poveri, voluto da Francesco III per riunire in un unica sede tutte le opere pie della città. Nel 1860 fu chiusa al culto e adibita a ricovero di soldati e magazzino militare. Solo nel 1876 venne riaperta al culto e sottoposta a opere di restauro.
La facciata è costituita da tre lesene piatte che la ripartiscono in tre scomparti e in quello centrale vi è il portale realizzato nel 1835 su disegno di Giuseppe Pisani. Sulla porta si legge l’iscrizione “Pantheon Atestinum” e dell’originaria chiesa restano tracce sui fianchi e il rosone aperto sulla facciata.
L’interno è a croce latina con braccia poco sporgenti, riccamente ornata di stucchi, statue e bassorilievi della famiglia estense. E’ l’unica chiesa nel panorama barocco con riproduzione stabile di un apparato decorativo effimero. Il soffitto è a cassettoni.